Маленькая любопытная рыбка Поньо — дочь колдуна и прекрасной морской богини — уплывает из дома, чтобы понаблюдать за жизнью людей. Поньо застревает в банке и оказывается выброшенной на берег. Её подбирает пятилетний Сосукэ. Малыши привязываются друг к другу, и теперь у Поньо только одно желание — стать человеком.

Мальчик Дзиро мечтает о полетах и красивых самолетах, способных обогнать ветер. Вот только пилотом ему не стать — он с рождения близорук. Но Дзиро не расстается с мечтой о небе, он начинает придумывать идеальный самолет и со временем становится одним из лучших авиаконструкторов мира. На пути к успеху он не только встретит много интересных людей, переживет Великое землетрясение в Токио и жестокие войны, но и обретет любовь своей жизни – прекрасную Наоко.