Они снова сражаются со злодеями из клана Футов и их главарем Шредером. Благодаря Эйприл О'Нил, профессору Джордану Пери и разносчику пиццы Кено черепашкам удается остановить распространение мутирующего вещества мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от страшных мутантов Токка и Разара.

На небольшом острове живет одинокий мужчина со своей дочерью. И каждый вечер на берег моря приходит красивая и грустная женщина. Только при свете луны и шуме моря, когда никто не видит, Дэвид может увидеть свою жену. Это его счастье и его тайна — ведь Джиллиан, его возлюбленная и мать его дочери, уже два года мертва…