Пока армия машин пытается уничтожить Зион, его жители из последних сил держат оборону.

Жизнь Томаса Андерсона разделена на две части: днём он — самый обычный офисный работник, получающий нагоняи от начальства, а ночью превращается в хакера по имени Нео, и нет места в сети, куда он бы не смог проникнуть. Но однажды всё меняется. Томас узнаёт ужасающую правду о реальности.

Юный автогонщик Спиди стремится обрести славу, как на самом треке, так и за его пределами, на своем подобном молнии автомобиле «Мак-5».

Юпитер Джонс родилась под ночным небом, и все знаки предсказывали, что девочке предстоят великие свершения. Юпитер выросла и каждый день видит во сне звезды, но просыпается в жесткой реальности, где она работает уборщицей и моет туалеты. Личная жизнь Юпитер тоже оставляет желать лучшего, пока девушка не встречает Кейна. Кейн, бывший военный охотник, прибывает на Землю, чтобы отыскать Юпитер и раскрыть девушке ее истинное предназначение.

Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против армии машин. Они вынуждены использовать не только арсенал превосходного оружия, но и свои выдающиеся навыки. Участие в миссии по спасению человеческой расы от истребления приносит им более глубокое понимание Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.

Один из членов мафии присвоил два миллиона долларов, был разоблачен, подвергнут пыткам и убит. Все это происходило на глазах Вайолет, любовницы гангстера Сизара. Она вообще многое знала, поскольку Сизар никогда ничего от нее не скрывал. А в соседней квартире обосновалась только что вышедшая из тюрьмы суперсексуальная лесбиянка Корки. Так родилась страстная связь двух женщин, а вместе с ней и идея присвоить те самые миллионы, которые хранятся у Сизара для босса мафии Джино Марзоне.

Шесть историй — пять реинкарнаций, происходящих в разное время, тесно переплетающихся между собой.