В стародавние времена Землю населяли сказочные существа, от прорыва в наш мир их сдерживали члены тайного братства «Пастырей»… Но случилось так, что род древних воителей практически иссяк, и теперь маленькому ребенку одному придется противостоять силам мифических созданий.

При поддержке недобитков Клана Фут и профессора Стокмана Шреддер готовит план побега, который планирует осуществить во время транспортировки в другую тюрьму. Эйприл удается добыть информацию о побеге из файлов профессора, но подоспевшие на обновленном фургоне-мусоровозе черепашки-ниндзя не смогли остановить мутировавшего Шреддера, в последний момент улизнувшего у них из-под носа при помощи портала, разработанного Стокманом. Ну что ж, пора черепашкам отвлечься от мелких супергеройских дел и

Лучшие друзья Таск, Манч и Алекс начали получать странные закодированные послания на свои мобильные телефоны. Они убеждены, что это что-то да значит, но родители и власти не воспринимают их всерьез. Они решаются взломать код и следуют к источнику посланий. То, с чем они сталкиваются, не из нашего мира и оно нуждается в помощи.