Москва, 1920-е. Драматург Николай Афанасьевич Максудов трудится над пьесой «Понтий Пилат». Такое смелое произведение не нравится критикам, директор театра отказывается ставить пьесу. И только возлюбленная Николая, Маргарита, понимает его текст. Меж тем, в Москве появляется таинственный иностранец Воланд, представляющийся профессором чёрной магии.

Фильм, сюжет которого объединён общим героем, разделён на три части, каждая из которых отражает частные события, происходившие во время Второй мировой войны в Югославии. Все три эпизода связаны общей темой насильственной смерти и её эмоциональной оценкой очевидцами.

Действие фильма, как и романа, начинается в канун мировой войны и кончается в середине 1960-х годов. В центре повествования - извращенная по милости нацистов немецкая история и сломанные человеческие судьбы. Все герои романа - люди, протестующие против существующего миропорядка.