Четверо братьев-черепах, всю жизнь скрывавшихся от мира людей в канализациях Нью-Йорка и обучавшихся ниндзюцу, отправляются на поверхность и пытаются жить как нормальные подростки. С помощью своей новой подруги Эйприл О’Нил они выходят на след печально известного преступного синдиката и армии мутантов.

Команду спасения ждет невероятно важная миссия: им необходимо как можно скорее найти драгоценное яйцо Золотого дракона и защитить его от коварных пиратов.