Знакомьтесь с Сэмьюелом, Джеффри и Майклом! Их дедушка, Мори Танака, является высококлассным мастером восточных боевых искусств, и уже несколько лет он тренирует внуков, чтобы сделать из них высококлассных ниндзя. Однажды давний враг дедушки, Хьюго Снайдер, даёт о себе знать снова. За ним охотятся агенты ФБР, среди которых отец братьев-ниндзя. Снайдер замышляет похитить сыновей агента ФБР, чтобы заставить преследователей отступить. Для осуществления своего умысла Снайдер нанимает троих

Трое храбрых ниндзя — Роки, Колт и Там Там — вступают в отчаянную и неравную борьбу с администрацией городка, чтобы спасти от гибели небольшое индейское поселение и их друга Джо. Городские власти намерены разместить на месте нахождения резервации захоронение токсичных отходов. Чтобы остановить беспредел, друзья должны найти отца Джо и секретный диск, содержащий информацию о неправомочных действиях «городских воротил»…

Тройка подростков отправляется в Японию, чтобы выручить из беды своего дедушку.